La Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Trujillo,   tiene sus orígenes en la antigua Facultad de Ciencias, la que obedeciendo a la modernidad y a las exigencias y cambios de la época, exactamente el 17 de Octubre de 1962 requirió dar paso a su división en las que actualmente constituyen las Facultades de Ciencias Biológicas y Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas; las que sin lugar a dudas por su abnegada, permanente y constante labor se han constituido en piedras angulares de la formación básica de todas las disciplinas que se cultivan en el Perú y en el mundo.

Esta historia se puede dividir en cuatro periodos; la primera, desde su creación e instalación y encauzamiento de la actividad académica y formación profesional a través de las Facultades; la segunda, cuando se modifica la Ley Universitaria 23733 y se anula los cargos de Decanos por el de Director de Programa o Sistema Departamentalista en el año de 1967; la tercera, cuando se restablece el Sistema Facultativo que ocurre en el año 1984 y la cuarta, con la nueva Ley Universitaria 30220 que establece elecciones universales de autoridades.

Estando la Facultad ya instalada el 19 de octubre de 1962 salió electo su primer Decano el Ing° Alfonso Chávez Cabrera, de 1962 a 1964, elaborando los estatutos y reglamentos de la naciente Facultad.

En 1964, asume el cargo de Decano el Dr. Antonio Samanamud Romero, hasta el año 1967; en dicha gestión se realizó la reestructuración curricular, considerando el perfil académico de la formación de los Profesionales Biólogo, Biólogo Microbiólogo, Biólogo Zoólogo, Biólogo Botánico y Biólogo Pesquero.

Posteriormente, bajo el Sistema Departamentalista, sale electo como Director de Programa el Dr. Arnaldo López Miranda para el periodo de 1967 a 1970, quien actualiza los currículos de las Escuelas Académico Profesionales al servicio de la solución de la problemática social regional y nacional. Continúa el Dr. Antonio Samanamud Romero de 1970 a 1975 , el Dr. Arnaldo López Miranda de 1975 a 1977  el Dr. Alfonso Villanueva Vásquez de 1977 a 1979, el Dr. Pedro Castillo Bécar de 1979 al 1982, culminando la etapa de Directores de Programa, con la elección del Dr. Héctor Aguado Legua de 1982 a 1984.

En 1984 se promulga la Nueva Ley Universitaria 23733 iniciando la tercera etapa con el retorno al Sistema Facultativo. En este período  los docentes Biólogos, miembros de otros Departamentos Académicos, tuvieron que adscribirse a los Departamentos que forman parte de la Facultad de Ciencias Biológicas y que cultivan la misma disciplina en los campos de la investigación científica y la formación profesional, quedando constituidos cuatro Departamentos Académicos:  Ciencias Biológicas, Microbiología y Parasitología Química Biológica y Fisiología Animal y Pesquería , los mismos que brindan servicios a las tres Escuelas Académico Profesionales de Ciencias Biológicas, Microbiología y Parasitología y Pesquería.

Al Dr. Hugo Requejo Valdiviezo le tocó encauzar a la Facultad al nuevo Sistema Facultativo, desde 1984 a 1988; en esta etapa se produjeron los repartos de materiales, equipos y personal administrativo de una Facultad a otra, para atender las necesidades de las Escuelas Académico Profesionales.

Continúa el período de Decanos, saliendo electos el Dr. Helí Miranda Chávez de 1989 a 1992, el Dr. Alvaro Tresierra Aguilar de 1992 a 1995, el Dr. Julio Arellano Barragán de 1995 a 1998, el Dr. Helí Miranda Chavez de 1998 al 2000 , el Dr. Elmer Alvitez Izquierdo de 2001 al 2004 , construyendo el Pabellón Administrativo de la Facultad en la ciudad universitaria; en el 2004 se eligió al Dr. José Mostacero León y por razones ajenas a la Facultad, la Universidad se tornó ingobernable por lo que la Asamblea Nacional de Rectores nombró a la Comisión  de Orden y Gestión, la que al mismo tiempo nombra como Decano encargado, al Dr. Wilton Saldaña  Sevilla por un corto periodo.

Una vez estabilizado el gobierno de la universidad, salieron electos como Decanos el Dr. Manuel Fernández Honores de 2005 al 2008,  el Dr. José Mostacero León de 2008 al 2011, el Dr. Hermes Escalante Añorga de 2011 al 2014, quien inició, impulsó y logró la acreditación de la carrera de Microbiología y Parasitología  otorgada por el SINEACE, constituyéndose en la primera carrera de Microbiología en acreditarse a nivel nacional y la primera en el área de Ciencias Biológicas a nivel del norte del país. Culmina esta tercera etapa con la elección del Dr. José Mostacero León de 2014 al 2017, logrando Acreditar la Carrera de Ciencias Biológicas, y así obtener el liderazgo a nivel nacional. Asimismo, al ser Ciencias Biológicas y Microbiología y Parasitología carreras acreditadas por el SINEACE, les permitió postular y ganar el financiamiento de planes de mejora, gestionado por ProCalidad, que logró fortalecer las competencias del recurso humano, los procesos de investigación, responsabilidad social, seguimiento del egresado, actualización curricular y la modernización de la infraestructura y equipamiento del Departamento Técnico de Microbiología y Parasitología; así como, la instalación de piso (cuarto nivel) y remodelación de la escalera del pabellón del Departamento de Ciencias Biológicas.

La cuarta etapa se inicia con la vigencia de la nueva Ley Universitaria 30220 y el periodo de transición en el que la universidad encarga las funciones de Decano al Dr. Marco Leoncio Salazar Castillo, desde el 05 de enero del 2016 hasta el 05 de setiembre del 2016.

Mediante elecciones universales, se elige al Dr. Freddy Rogger Mejía Coico, como Decano electo por cuatro años, a partir del 06 de setiembre 2016 al 06 de setiembre 2020; en este periodo se actualizaron los currículos de los tres Programas de Estudios: Ciencias Biológicas, Microbiología y Parasitología y Biología Pesquera; se implementó el Sistema Integrado de Gestión de Calidad, impulsado y gestionado por la Dirección de Calidad Universitaria; se modernizó la infraestructura y equipamiento de aulas y laboratorios de práctica, secciones técnicas y laboratorios de investigación; remodelando, además, el Boulevar Antonio Samanamud Romero- Parque de lectura; así como, el Museo de Zoología Juan Ormea y se iniciaron los trabajos del mejoramiento de toda la infraestructura del Departamento de Pesquería ubicado en el Jr. San Martín. Se indexó la Revista de Investigación Científica REBIOL. En este periodo se continuó impulsando la acreditación de los programas de estudio con el Modelo de Acreditación del SINEACE vigente y la Universidad Nacional de Trujillo logró obtener el Licenciamiento por 8 años.